通常用于刑事或环境法医调查和分析的仪器包括扫描电子显微镜和光学显微镜。这些工具被用来表征诸如织物、金属、纺织品或玻璃等法医证据。显微成像还可以帮助从工具痕迹、血液、头发分类、颗粒分析或仔细检查残留物(如沙子、泥和硅藻)中识别划痕和凹痕。
头发和纤维
头发和纤维样本通常被作为痕量证据收集。光纤类型可以用光学显微镜技术来确定。人的头发和动物的头发可以用一个扫描电子显微镜(SEM)。此外，高倍放大人体头发的细节可以揭示嫌疑人的种族，以及头发是否经过化学处理等其他细节。不同种类的动物也有不同的卵泡结构。
对纤维的显微镜检查，如这里所示的扫描电镜成像的棉纤维，不能提供纤维的定量特征，但是无损的，可以用于定性比较。
微粒
粒子分析可以适用于犯罪或环境取证。土壤，灰尘，颗粒和矿物的类型通常可以与特定位置相关。
从鞋子和嫌疑人的靴子中收集土壤和泥浆，并用SEM分析。这些样品中发现的矿物质，砂等的结构和组成可以阐明最近嫌疑人是否已经靠近犯罪现场。这里显示的是含铜矿物胶囊的着色SEM图像。
油漆检查
在犯罪现场或事故现场发现的油漆碎片或薄片经常被分析，以确定所涉车辆的颜色、制造和型号。汽车通常涂四到五层底漆、彩色和透明涂层。这些层的组成可以通过Phenom SEM的EDS分析来确定。汽车制造商为每一款车型使用独特的涂料层组合。分析的样本可以与可疑车辆进行比较，或在已知层组成的数据库中搜索。
植物学/花粉
在犯罪现场发现的种子、花粉和树叶可以引导侦探找到犯罪可能发生的地点，或者嫌疑人和受害者去过的地方。因为花粉和种子是在一年中的特定时间产生的，这些证据也向调查人员揭示了犯罪发生的时间。在水中发现的硅藻也能确定犯罪发生的地点。
昆虫学
在尸体上或体内发现的昆虫可以帮助确定死亡的时间和原因。不同种类的苍蝇、甲虫和其他腐烂的昆虫在死后往往在不同的时间产卵。通过识别体内的幼虫，并考虑环境条件，如温度和暴露，调查人员可以估计受害者的死亡时间。还可以分析昆虫和幼虫，以确定此案是否涉及毒药、药物或其他毒素。
